所谓对法律的二次适用，是指法院在审理行政诉讼案件时，对行政机关在作出具体行政行为的行政程序中已适用的法律的再适用。司法审查的主要内容之一就是审查被诉具体行政行为适用法律是否合法，这种法院的再适用与行政机关的第一次适用尽管有许多相同或相似的地方，但也有诸多的不同特点，主要表现如下：

　　1．法律效果不同。在现代法治社会，尤其是随着我国加入ＷＴＯ，任何行政行为都要纳入司法审查范围是大势所趋。而任何行政行为的作出都可以说是行政机关适用法律、法规、规章或规范性文件于具体的法律事实的活动。因此，行政程序中对法律的适用不具备终局性，还要接受司法的审查，这也是符合民主社会权力制衡原则的。而二次适用则不同，它是法律上最终的法律适用，因为法院是“纠纷的最终裁断者”，其适用法律的效力要高于行政机关作出具体行政行为时对法律适用的效力。

　　2．适用目的不同。合法性审查原则是我国行政诉讼法的基本原则，除了行政处罚或行政赔偿案件外，法院无权对行政行为进行合理性审查。因此，在司法审查中法院对法律的二次适用主要是为了解决被诉行政行为的合法性问题。而行政程序则不然，其不仅要解决合法性问题，也要解决合理性问题。

　　3．适用依据不同。在司法审查中，我国行政诉讼法明确规定，依据法律、法规，参照规章。而在行政程序中，行政机关不仅要适用法律、法规、规章，还要适用大量的规范性文件，而且往往这些层次较低的规范性文件对个案更具有决定性影响。

　　既然法院与行政机关的法律适用存在不同的地方，二者之间产生矛盾也就在所难免了。如何处理好这一矛盾？笔者认为，要处理好这一矛盾，可以从法律（这里指广义上的法律，包括法律、法规、规章及一般规范性文件）的效力层次和效力范围上来考虑。在效力层次上，根据立法法的有关规定，应适用上位法效力高于下位法的原则，在同一位阶上的法律之间，适用特别法优于一般法、新法优于旧法的原则。在效力范围上，可以在不违反法律强制性规定的前提下，以最密切联系原则作为确定适用法律规范的依据。例如：直接涉及本地区社会、经济秩序等社会关系的，适用本地区的有关法规、规章或规范性文件；对不动产的行政案件适用不动产所在地的规范性文件；在行政执法程序上主要考虑适用执法机关所在地的法律规范。