2014年12月30日，内蒙古高级人民法院对呼格吉勒图案作出国家赔偿决定：一、向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付死亡赔偿金、丧葬费共计1047580元； 二、向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付呼格吉勒图生前被羁押60日的限制人身自由赔偿金12041.40元； 三、向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付精神损害抚慰金100万元。以上各项合计2059621.40元。

　　其中，100万元的精神抚慰金创下了国家赔偿中精神赔偿的纪录。有人提出，根据最高法的有关规定，精神抚慰金原则上不超过依照国家赔偿法确定的人身自由赔偿金、生命健康赔偿金总额的35%，但“呼格案”100万元的精神抚慰金明显超过上限，此项赔偿是否符合规定。

　　对此，内蒙古高院相关负责人表示，“呼格案”精神损害抚慰金的确定是以《国家赔偿法》第十七条第(三)项“依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已执行的”为依据提起的，而呼格案所涉及的被执行刑罚是最为严厉的死刑，这对呼格吉勒图亲属所造成的精神损害后果无疑是极其严重的。“鉴于这种特殊情况，我院决定支付精神损害抚慰金100万元。这个数额是我院综合考量本案的具体情况确定的。赔偿数额超过死亡赔偿金和限制人身自由赔偿金总额的35%，是综合考虑到此案的特殊性，综合考虑到国家赔偿所蕴含的救济损害和抚慰创伤的功能，按照符合法律规定精神、符合公平正义的要求予以协商和决定的。对此，呼格吉勒图父母也表示充分理解。”

　　同时，对于为何支付呼格吉勒图生前被羁押期间的限制人身自由赔偿金，内蒙古高院做出说明：从《国家赔偿法》的规定看，因再审改判无罪请求国家赔偿的，若属原判死刑已执行的情形，侵犯的权利客体不仅包括生命权，也包括死者生前被羁押期间的人身自由权。这两项权利的赔偿，规定在《国家赔偿法》第三十三条和第三十四条。本案呼格吉勒图生前受到羁押，虽然时间不长，但也依法予以赔偿。尽管呼格吉勒图的父母在书面申请中没有单列此项赔偿要求，但本着依法赔偿和主动告知权利的要求，协商中内蒙古高院主动对此予以释明，呼格吉勒图的父母要求将此项赔偿内容写入赔偿协议和决定。故内蒙古高院依法决定向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付呼格吉勒图生前被羁押60日的限制人身自由赔偿金12041.40元。

　　另外，对于赔偿决定为何没有包括死者父母的生活费问题，内蒙古高院相关负责人表示，《国家赔偿法》第三十四条第一款第(三)项虽然规定，“对死者生前抚养的无劳动能力的人，还应当支付生活费”，但本案中呼格吉勒图的父母退休后均有退休金，且高于呼和浩特市的最低生活保障标准，故赔偿协议和决定中没有此项内容。呼格吉勒图的父母对此表示理解和同意。