5月23日，台湾《中国时报》报道，“台菲关系”因“广大兴28号”案而陷入僵局，菲律宾政府以“一个中国”原则为由，表示菲总统阿基诺不会亲自道歉。对此，马英九表示，“一中原则”是菲律宾的借口，若菲律宾因此向北京道歉“说不通”。但马英九说，他认为这样的猜测不会发生。

　　据报道，台“外交部”22日也发表声明指出，马尼拉经济文化办事处主席佩雷斯前晚主动来函，称菲方从未就广大兴28号事件对外提及菲方的“一个中国”政策，希望澄清外界误解。

　　针对广大兴28号案，台方向菲律宾提出道歉、惩凶、赔偿及渔业谈判等4项要求。但据菲律宾媒体报道，为遵守“一中原则”，阿基诺不会亲自出面道歉。

　　报道称，马英九22日在接受台湾媒体专访时驳斥，“这种说法是一个借口”，菲律宾曾经就此事与美中台三方的任何一方讨论或沟通吗？台湾并没有接到其他国家对此事有何特别要求。他强调，若确实是菲公务员杀了台湾人民，无论如何都必须表示歉意。

　　马英九说，若菲律宾只承认大陆、不承认台湾，而向大陆方面道歉，“这是说不通的”；菲律宾杀的是台湾渔民，当然应该对台湾渔民和人民道歉，台方对此案完全依国际法与国际惯例处理，没有非分要求。

　　马英九在专访中特别说明，台方并未特别指明要菲方哪一个单位或首长道歉，也没有指定向谁道歉，但一定要菲律宾政府的正式道歉；虽然调查尚未完成，但菲政府必须公开承诺在完成调查后进行赔偿，赔偿金额由菲政府和受害家属协商。

　　至于什么是台方可以接受的道歉方式？马英九说，阿基诺曾派佩雷斯来台致歉，但在其中将此案说成“不幸而非蓄意的生命损失”；他认为，若将这句话拿掉，才是有诚意的道歉，只有展现诚意的态度，才能将此事了结。